La structure organisationnelle de l’HSCM repose sur ces directions. Cette structure comprend également un service de coordination de l’évaluation des technologies et des modes d’intervention en santé qui relève de la Direction générale.
La mission de la Direction de l'enseignement consiste à soutenir et encadrer les stages effectués dans l'établissement en collaboration avec la faculté de médecine de l'Université de Montréal. Cette Direction collabore également avec les autres directions ou services de l'établissement qui accueillent des stagiaires. Différentes activités de formation médicale continue sont organisées par la Direction de l'enseignement avec le soutien du personnel des deux bibliothèques et du service d'audiovisuel de l'établissement.
La Direction générale adjointe a pour mandat de coordonner et réaliser les dossiers organisationnels de l'HSCM : planification stratégique, développement des axes stratégiques, programme d'amélioration de la qualité, de gestion des risques et de gestion des plaintes. Cette direction s'assure, également, de l'optimisation des ressources humaines, financières, matérielles, techniques et informationnelles de l'ensemble de l'établissement.
La Direction des services professionnels et hospitaliers regroupe, sous son aile, les activités médicales de l'établissement, de nombreux services diagnostiques et thérapeutiques, des services professionnels ainsi que les programmes stratégiques de l'organisation.
Responsable de la gestion des activités clinico-administratives de sa direction, elle s'assure de la qualité et de la sécurité des soins infirmiers prodigués à la clientèle de l'établissement. Cette direction participe à la réalisation de la mission de l'HSCM quant aux soins, à l'enseignement, à la recherche et à l'évaluation des technologies.
Cette Direction a la responsabilité de l’information, des partenariats économiques et des finances. Les directions de l’enseignement, de la recherche, des services techniques et ingénierie travaillent en étroite collaboration avec cette direction.
Cette Direction est le promoteur du développement des ressources humaines. Elle assure un encadrement professionnel dans les domaines liés à la sécurité du personnel et à la qualité de vie au travail. Elle a la responsabilité de veiller à ce que les principaux besoins de développement soient comblés et que les différentes activités présentes dans l'organisation soient arrimées. Pour ce faire, elle favorise la responsabilisation individuelle et collective quant au développement des compétences par une évaluation formative régulière et par la formation continue et sur mesure.
Cette Direction joue un rôle majeur en matière de développement, maintien et réaménagement des immobilisations et coordonne l'ensemble des services connexes aux 'activités de l'HSCM (services généraux, maintenance, équipements etc.). Afin d'assurer des services de qualité et dans un souci de satisfaction de la clientèle, ces équipes travaillent en synergie avec l'ensemble des cadres de l'établissement pour la réalisation d'un environnement plus fonctionnel et sécuritaire.
